Mikroskop dikelaskan berdasarkan prinsip mikroskop dan boleh dibahagikan kepada mikroskop polarisasi, mikroskop optik, mikroskop elektron, dan mikroskop digital.
1. Mikroskop polarisasi ialah sejenis mikroskop yang digunakan di institut penyelidikan untuk bahan anisotropik telus dan legap, dan mempunyai aplikasi penting dalam jurusan sains dan kejuruteraan seperti geologi.
2. Mikroskop optik biasanya terdiri daripada bahagian optik, bahagian pencahayaan, dan bahagian mekanikal. Mikroskop optik boleh membesarkan objek 1600 kali, dengan had peleraian minimum 0.1 mikrometer.
3. Mikroskop elektron mempunyai ciri struktur asas yang serupa dengan mikroskop optik, tetapi ia mempunyai keupayaan pembesaran dan resolusi yang jauh lebih tinggi untuk objek, menggunakan aliran elektron sebagai sumber cahaya baharu kepada objek imej.
4. Mikroskop mudah alih terutamanya lanjutan daripada siri mikroskop digital dan mikroskop video yang telah dibangunkan dalam beberapa tahun kebelakangan ini
